日米合同対テロ組織「防衛(wèi)省中央調(diào)査部諜報(bào)２課分室]通稱(chēng)ＣＩＲＳ、海上油田爆発事故が引き金となりその存在は公のものとなった。
秘匿組織としてのＣＩＲＳは刷新されて以降、極秘活動(dòng)を引き継ぐ形で新組織ＳＯＲＤが発足された。
將來(lái)的に國(guó)防を擔(dān)う人材の育成を目的として設(shè)立されたＳＯＲＤは、全國(guó)各地の學(xué)園組織に間借りする形で展開(kāi)していった。
廃校後、施設(shè)の解體費(fèi)用もままならぬまま放置されていた『美浜學(xué)園』は個(gè)人に買(mǎi)い取られ、新たに「特殊技能訓(xùn)練校」としての役目を得た。
そんな學(xué)園で、様々な理由で行き場(chǎng)を失くした少女達(dá)に與えられたのは銃と実弾。
國(guó)防の名目のもとに、彼女達(dá)は命すらも顧みられることのない危険な超法規(guī)的活動(dòng)を繰り返す。

「─私達(dá)は、この世界に生かしてもらっているんですよ…。
でも、生かしてもらっているだけではダメなんです、
それじゃあ生きている意味がない。
だから、生かされるだけではなく、自分の力で生きるんです、
戦い抜いて、生き殘るんです。
そして生き殘った子だけが、生きることを許されるんです─」

どうせ磨り潰される命なら、銃を手にして戦うことを選んだ少女達(dá)の未來(lái)は…？

午前５時(shí)３０分、Ｋ県Ｕ港―。
入國(guó)予定だった海外からの要人が突如として姿を消した。
美浜學(xué)園?ＳＯＲＤのメンバーは失蹤事件の捜索支援を開(kāi)始するが、
消えた“荷物”を捉えようとする度に、それは手の中から逃げていく。

美浜學(xué)園の姉妹?！壕┐瑮@が丘』ＳＯRＤのメンバーである、雙子姉妹との協(xié)力および確執(zhí)。
そして─夜の街を疾走する謎の女ライダー「ソウル?スピード」の噂―。

追跡はやがて壯絶な死闘となり、心身ともに引き裂かれてゆく。
しかしそれは、レナとハルトの出逢いにまで遡る過(guò)去への旅でもあった。

「―キミは何が得意ですか？」
「ただの泣き蟲(chóng)で弱蟲(chóng)です…人を殺すことしか出來(lái)ません…」

「…私を買(mǎi)うつもりですか…？」
「?jìng)幎未蔚冥省?/span>

彼女は救われたのだろうか？　その行き先が、たとえ地獄だったとしても。

戦傷により療養(yǎng)中のレナとマキを美浜に殘し、ＳＯＲＤメンバーは他校との夏季合同合宿のために國(guó)外へと飛んだ。
しかし、合宿先で美浜ＳＯＲＤは、聖エール外國(guó)人學(xué)校のシルヴィア、ベルベットらと共に「脫柵者狩り」に參加することになってしまう。

事件に巻き込まれながらも、トーカは両親との記憶や、果たされることのなかった友人との約束と対峙していくのだが……。

「そうね…私達(dá)には、這ってでも帰らなきゃいけない理由があるし…帰らなきゃ」

「それじゃあ――、生きてたらまたいつか會(huì)いましょう…」

「もし確保が難しいようであれば、“処分”してくれて構(gòu)わない…その時(shí)は、綺麗に全部消して欲しい…」

聖エールのハンドラーであり、仙石一縷〈イチル〉の弟でもある、仙石家長(zhǎng)男?仙石綾芽〈アヤメ〉はそう告げた。

それぞれの想いが交差する中、トーカの導(dǎo)き出した答えとは？
真実は、レティクルの彼方に……。

聖エール外國(guó)人學(xué)校からやってきた九真城恵(グミ)は、トーカの手ほどきにより、狙撃手としての腕を上げ、戦傷から復(fù)帰したレナとマキと共にその牙を研ぎ澄ましていた。

同じ頃、美浜學(xué)園?初等部の仙石大雅(タイガ)は、実戦部隊(duì)である“Ａ組”への配屬を強(qiáng)く希望する。
ハンドラーであるハルトは、「クリスがタイガ の上官となり面倒を見(jiàn)る」ことを編入の條件とした。そしてクリスは、タイガと共に時(shí)間を過(guò)ごし、自らの心の変化に気付いていく。

全てが平穏に進(jìn)んでいると思われた中、突如として國(guó)內(nèi)で発生した未曾有のテロ事件。
事態(tài)を知ったクリスは、危険を顧みずに戦場(chǎng)へと飛び込んだ。
──あの日、“彼女”がしたのと同じように。

「我々が想定していた中でも最?lèi)櫎握归_(kāi)ですねぇ…」
「２人殺られてる！　なんだっ??？　なにがあった??？」
「日本に核を持ち込むということが、
どういうことか分かっているのか…？」
「初めて人を撃つのは恐い…足が震える…」
「馬鹿め…全てを臺(tái)無(wú)しにするつもりか??？」

次々と増えていく犠牲者。組織の狹間で自由を奪われたＳＯＲＤ。
クリスとタイガ……そして美浜學(xué)園の運(yùn)命は？

「そうか…私…死んだんだ…」

亡き母の想い出に抱かれ、少女は眠りの深淵へと向かう――。

犠牲を出しながらも、ＳＯＲＤはテロリストの鎮(zhèn)圧に成功した。
それから數(shù)週間後――ムラサキの姉、狗駒悠季（ユーキ）が帰國(guó)。Ａ組に復(fù)帰する。
妹よりも社交的で優(yōu)秀な姉のユーキは、學(xué)園のメンバーとも仲良くなり、次第に信頼関係を築いてゆく。

「私が美浜に居る理由も、もうなくなったかな…」

自らの存在意義に疑問(wèn)を感じたムラサキは、ハルトと出會(huì)った頃に想いを馳せる。
ハルトは“未熟な己を補(bǔ)うため”と、技を探し求めて山奧の村へやってきた。
先祖代々継承されてきたという“秘伝の技”は何処に──？

「…オマエ達(dá)だけは絶対に許さないっ??！」
「大丈夫…私は…どこへも行かない…側(cè)に…いるから…」
「聞いてた通り、亡霊って奴はどうしたって斬れないか…」
「さぁ、顔を上げるのです…勇気を出して…」

それは運(yùn)命的な出會(huì)いであると同時(shí)に、悲哀の物語(yǔ)でもあった。

「あのさ…私に、妹を殺せって…命令してくれないかな…？」

美浜學(xué)園のハンドラー蒼井春人（ハルト）。彼にとってその日は、いつもと変わらぬ一日だった。しかし、立ち振る舞い、言葉、そのどれもが普段と違って見(jiàn)える。そんなハルトを察してか、美浜の生徒達(dá)も落ち著きを失っていた。

ハルトは學(xué)園を後にし、仙石一縷、宇川千尋をはじめとした舊ファントムトリガーのメンバーと共にとある山へと墓參りに向かう。

その山頂に眠るのはハルトの師匠「アオイ」。

毎年繰り返される、彼女に再會(huì)するための旅。道中では軽口を叩き合ったかと思えば、ふとよぎる寂しさに言葉を詰まらせる。思い起こされるのは、純粋なまでに兇暴だったアオイの人生。

「負(fù)けて悔しいとしか感じねぇなら辭めちまえ、負(fù)けた時(shí)こそ良い経験をした楽しかったと思えないなら向いてねぇよ」
「何に命を掛けるかはソイツの価値観次第だ」
「優(yōu)し過(guò)ぎんだな、殺し屋には向いてねぇ……」
「おーい！　ハルトー！　しっかりしろー！　死んじまうぞー？」
「……なぁ、煙草……返してくれ……マスター……」

受け継がれた命。

「形にあるものはいつか壊れ、命あるものはいつか死ぬ。ただそれだけのことだ」

アオイの最期の瞬間、この世界では何が起こっていたのか──。

いつもと変わらぬ日常の風(fēng)景――。 その內(nèi)側(cè)で、少女たちは靜かに牙を研ぎ続ける。 それはハルトでさえも例外ではない。彼も刀を手にし「來(lái)たるべき時(shí)」に備えていた。

遠(yuǎn)く、聲が聞こえる――呼び聲が響いている。

CIRSおよびSORD全部隊(duì)が招集される前代未聞の大規(guī)模作戦。 迎え撃つのは、エニシとクロエが待つ宗教組織ＴＦＡ(ザ?フェイタル?アンサー)。

有坂秋桜里は迷っていた。年端もいかぬ子供たちを戦場(chǎng)に送るべきか、否か。 教え子たちの運(yùn)命は、彼女の判斷に委ねられたのだ。 組織の一員として、一人の人間として苦悩する有坂──。

「有坂先生は、誰(shuí)かを殺してでも守りたい物って、ありますか？」
「この小さな手帳が、おそらく私の遺品になるだろう」
「この経験がいずれ誰(shuí)かの命を救うのだ！」
「敵対勢(shì)力の中に“子供”が居たら、貴女は撃てますか？」
「後悔しないで下さいね？」
「何もしない後悔よりはマシです！」

それぞれの思惑が火花を散らす戦場(chǎng)で、有坂の目に映った光景とは──。

「地獄なんて何度も見(jiàn)てきたつもりだったけど、
私の見(jiàn)てきた地獄なんて地獄じゃなかったんだなって、
今はそう思っている」

遂に、総力戦が始まった。
宗教組織ＴＦＡ(ザ?フェイタル?アンサー)との戦いは最終局面を迎え、
CIRSおよびSORDは全ての戦力を要塞へと向かわせる。

降り注ぐ黒い雨、水を求め逃げ惑う民間人、敵味方問(wèn)わずに放たれる銃弾。
高射砲からの砲弾が塹壕を破壊し、熱波が悪夢(mèng)のように少女達(dá)を襲う。
息苦しい地下室で、闇に染まる深い森で、あらゆる場(chǎng)所で激しく燃え上がる命の炎。
ただ生き殘りたい、そんな願(yuàn)いさえ屆かないのか。

決してもう二度と、奪わせたりはしない──。

「総員！　裝備の最終確認(rèn)だ！」
「そういうこと、俺達(dá)にもう逃げ場(chǎng)はない…」
「…アレは殺シテもイイ人間か？」
「だったら笑え、笑って死ぬのだ」
「ありがとう神様?。　·猡Ψ扭丹胜い荆。　?br> 「戦爭(zhēng)なんて人生そのものだよ…」
「白兵戦用ぉーーーー意っ?。?！」
「…ヤバい…ヤバいぞ！　一気に突っ込んできやがる?。　?br> 「どいつもこいつも…もうマトモじゃない…」
「…さて、いよいよクライマックスだ…どうする？　エニシさん…」

少女は、運(yùn)命の引き金に指をかける──。

「…どうしてキミたちは…キミたちはなぜ戦うんだ？」